サービス提供ルールや運用保守ルール、作業範囲などによって具体的にはマザーサーバ毎に具体的な作業は異なりますが、運用時の基本的な作業は、保守（パッチ適用）対象のLnuxサーバにインストールするQloc Engineのライセンス発行と発行したライセンスがパッチ情報を取得するサイトの関連付けです。また、配布パッチがアップロードされた後、格納されているパッチリストの最新化を実施することです。
配布パッチの判断とアップロード以外はマザーサーバの機能でサポートしているので、ＧＵＩ（グラフィカル ユーザ インターフェイス）でライセンス管理や利用調査等の作業がマニュアルも必要としないくらいわかり易く簡単な作業で運用できます。

マザーサーバ１台に対して複数台（１〜数千台）のパッチ適用対象Linuxサーバのマネージメントが可能です。（ネックとなるのは、パッチのダウンロード時の回線状況です。導入の際は実運用に即した環境を考慮してください）マザーサーバにはスタンダードサイトという配布パッチを格納する場所があり、パッチマネージャによりＯＳのバージョン毎やＯＳ＋アプリケーションの組合せなど自由にいくつでも作成することが可能です。 格納（配布）するパッチはパッチマネージャが定めたルールに従いＦＴＰやＳＡＭＢＡといったツールでアップロードしてください。

Qloc Engineのライセンス発行、ライセンス管理、スタンダードサイト作成・管理、スタンダードサイト内格納パッチ一覧最新化、バーチャルラック管理、Qloc Engineの一括起動（随時/タイマー）、各種利用状況調査などがＧＵＩでサポートされています。。

この仕組み（マザーサーバ）には、バーチャルラックというマザーサーバ外に作成したパッチ格納場所を利用する機能も含まれます。バーチャルラックに格納し、パッチ適用させたいモジュールはマザーサーバのＧＵＩ画面から登録する必要があります。これは格納したパッチ一覧の自動作成が出来ない、バーチャルラックに対してマザーサーバからアクセス出来ない環境（ＦＷ越し）を想定しているためです。
バーチャルラックはスタンダードサイト格納パッチに比べ優先順位が高く強制的な置換等行える便利な機能です。今後のバージョンでは未導入ソフトウェアのインストール機能も付加する予定です。